目前医学界对前列腺里长结石的原因并不是十分清楚，前列腺结石是在前列腺泡内形成的，与停留在前列腺尿道部、来自肾、输尿管或者膀胱的尿道结石是两种不同原因和部位的结石，前列腺结石是指原发于前列腺腺泡和腺管内的结石。
对于导致患前列腺结石，目前医学家们有三种观点：一种观点认为前列腺结石的形成是由于前列腺腺泡和排泄管发生了慢性炎症，使腺泡扩张，前列腺管狭窄，尿液返流后一些盐类沉积在正常前列腺腺体组织上，形成前列腺结石。
另一种观点认为前列腺结石是围绕一个有机物核心，像滚雪球一样逐渐增大的。有机物核心经常是血块、细菌、坏死组织或一种叫"淀粉样体"的物质。淀粉样体是由脂肪、核蛋白、晶体嘌呤、胆固醇等包绕脱落的上皮而形成的一个小的圆形或椭圆形的放射状结构的物体。尿液流经尿道时，要从前列腺管口反流到远端的前列腺管，尿中的钙盐结晶可逐层沉积于有机物核心上，逐渐增大，形成结石。
还有一种观点认为前列腺的增生使前列腺管内压力增加，腺管内分泌液瘀滞，盐类成分在前列腺周围受压的皮质或外科包膜上沉积，因此形成前列腺结石。
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